图片来自美国cdc

撰文 | 黄宇翔

责编 | 陈晓雪

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近日，D. E. Shaw Research的计算化学家们在线共享了关于COVID-19病毒蛋白的分子动力学模拟数据，希望能助力整个科学团体增进对病毒侵染分子机制更深刻的理解，并加快靶向药物的筛选速度。[1]

D. E. Shaw Research的科学家们借助Anton 2超级计算机，对COVID-19病毒处于无配体结合、激活状态的主要蛋白酶（ main protease）实现了帧数1纳秒、时长100微秒的分子动力学模拟。此前日本理化学研究所的科学家在3月17日通过MDGRAPE-4A超级计算机对该蛋白在小分子抑制剂结合构象下进行了时长为10微秒的分子动力学模拟。[1-2]

此外，D. E. Shaw Research还公布了10微秒的COVID-19病毒表面S蛋白（spike protein）在关闭和部分激活两种构象， COVID-19部分结构域与宿主细胞受体ACE2复合物的模拟数据，以及ACE2 和小分子抑制剂的模拟数据。

“D.E. Shawn Research等的蛋白质计算模拟数据，为理解病毒的感染机制、揭示病毒的弱点，并设计靶向药物提供了重要的信息。 同时也凸显了科学无国界，全球科学家群策群力为尽快研发新冠病毒的特效药的科学之战。”北京大学定量生物学中心的魏平研究员对《知识分子》说。

除了D. E. Shaw Research之外，加州大学圣地亚哥分校Rommie Amaro教授等团队目前也投身于将分子动态模拟应用在理解病毒蛋白外壳结构与功能上。[3] D. E. Shaw Research的科学团队将持续更新网站上的模拟数据。

参考文献

[1] D. E. Shaw Research, "Molecular Dynamics Simulations Related to SARS-CoV-2," D. E. Shaw Research Technical Data, 2020. http://www.deshawresearch.com/resources_sarscov2.html

[2] KOMATSU, Teruhisa S.; KOYAMA, Yohei M.; OKIMOTO, Noriaki; MORIMOTO, Gentaro; OHNO, Yousuke; TAIJI, Makoto (2020), “COVID-19 related trajectory data of 10 microseconds all atom molecular dynamics simulation of SARS-CoV-2 dimeric main protease”, Mendeley Data, v1

[3] https://amarolab.ucsd.edu/Welcome.html

https://www.drugtargetreview.com/news/58226/covid-19-viral-envelope-simulation-under-development/

https://ucsdnews.ucsd.edu/feature/coronavirus-massive-simulations-completed-on-supercomputer?utm_source=This+Week+Subscriber+List&utm_campaign=c2382a82da-THIS_WEEK_2020_03_26&utm_medium=email&utm_term=0_db568fca07-c2382a82da-92150133