由于时间上的仓促，津海都漕运司衙门下面的架构怎么填，吏部都没有给出条陈来，不过许林续文从权处置，可从地方上挑选有功名或者直接选拔官吏作属员，吏部事后予以追认。上谕里没有直接明确都漕运司衙门下设运漕军，但也明确表示以马一功、杨一航诸将为首的晋中军残部暂受林续文节制，行护漕之职责。