至于百济，就不用说了，虽然没有参与这场席卷半岛的战争，可是他们所损失的一点儿也不少，高句丽大瘟疫爆发的时候，新罗首当其冲，遭受了巨大损失，而百济也在之后被新罗人所传染，百济的领土本来就小，在整个国家沦为一片感染之地后，百济王族和高句丽王族做出了非常一致的决定——带着所有可以带走的财产和人乘船入海，躲避瘟疫。